主な改造内容は、車体外板腐食部張替え、キハ47形の戸袋窓の埋め込み、通風器撤去、側窓を下段固定、上段下降式への交換、化粧板張替え、ドアの半自動装置の電気指令式への変更などである。
10塗装は初期落成車のキユニ28 1 - 6がクリーム色4号と朱色4号の一般色とされたが、この6両以外は1978年10月の「車両塗色および表記基準規定」改正に伴いの首都圏色へ変更。
13最後に残っていた予讃線松山以南運用も同年10月15日で終了となり、本系列・キハ65形の定期運転をすべて終了した。 500番台 [ ] キハ40 551 2017年5月 主にを対象とした寒地仕様で、1977年末から製造された。
3給電用機関(キハ40 2143、徳島駅、2012年1月15日) 簡易電気検測車化改造 [ ] JR四国は、JR北海道・JR九州と同様に電気検測車を保有しておらず、JR西日本から検測車を借り入れて自社線の信号設備等の検測を行っていた。 (昭和46年)に自車も冷房化されたため2505 - 2510に改番。
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